La raza ha tenido muchos nombres a lo largo de su historia, entre ellos los de «Perro Melitae», «El Antiguo Perro de Malta», «Confortador», «Spaniel Apacible», «Perro Melenudo» y «Perro León Maltés». Este último apelativo alude, muy probablemente, al hecho de que a varias de las antiguas razas miniatura se les cortaba el pelo de forma que parecían un león. Esto provocó alguna confusión, especialmente con la raza que conocemos actualmente por este corte de pelo y que se llama Löwchen (Pequeño Perro León).
Muchas obras de arte precristianas están adornadas con la imagen de un Maltés, y en las cortes de la Roma imperial era el perro favorito entre las mujeres y llegó a ser conocido como «Perro de las patricias romanas». Acerca de estos perros llegó a escribirse: «Cuando fallece su favorito, deposita sus restos en una tumba y erige un monumento sobre ésta con la inscripción "Descendencia del linaje de Malta"». Los Malteses estuvieron también muy implicados en la cultura egipcia entre los años 600 y 300 a.C., y en esos tiempos eran venerados como miembros de las familias reales.
Muchos de los antiguos pintores italianos incluyeron perros en sus cuadros y parece que muchos de ellos eran Malteses. Para añadir una mayor confusión al origen geográfico de esta raza, existía una ciudad en Sicilia hacia el año 25 d.C. llamada Melitia. Aquí se podían encontrar unos perros pequeños y hermosos llamados canis melitei. Es comprensible que surgiera la confusión, ya que la isla de Malta fue conocida en la antigüedad como isla de Melita. En 1851, Youatt escribe que se les podía encontrar no sólo en Malta sino también en otras islas del Mediterráneo, donde «mantenían el mismo carácter, siendo totalmente fieles a sus propietarios… [aunque] se llevaban mal con los extraños». Aunque decía que no eran mayores que un hurón o una comadreja consideró que «No eran pequeños en cuanto a su entendimiento ni inestables en cuanto a su cariño».
Algunos consideran que el Maltés fue una de las antiguas razas miniatura francesas y tiene, ciertamente, un vínculo muy estrecho con las razas de bichones, como el Bichon Frisé, el Boloñés, el Habanero y el Coton de Tuléar. De todas formas, no se debería confundir al Maltés con el Bichon Frisé actual, a pesar del hecho de que en ciertos puntos de su historia haya sido también llamado «Bichon». Algunos criadores incluso han creído que la raza proviene del desierto de Gobi, y esto se le atribuyó debido a su querencia por el calor y el sol.