Algunos de los principales problemas que se señalan actualmente en esta especie están directamente relacionados, o tienen su origen, en la genética; aunque habría que decir claramente que, aun siendo esto así, poco han tenido que ver los profesionales de la genética con la situación actual.
Cuando tratamos la selección genética en la especie canina debemos ser conscientes de que tenemos dos perspectivas, al menos, desde las que analizar el tema: una primera, escasamente utilizada, es la selección basada en el conocimiento científico que para esta herramienta de mejora hemos acumulado hasta la actualidad. En segundo lugar, la práctica ancestral más utilizada, incluso actualmente, la selección empírica, basada simplemente en la elección de los reproductores que cumplen los requisitos de características observables (fenotipos) exigidos por los criadores para ser los padres de la siguiente generación. Aunque es esta segunda perspectiva la que, como decimos, es la más frecuentemente aplicada, consideramos que en una monografía técnica, como es el caso, resultaría de interés explicar
los aspectos más relevantes en los que se basa la ciencia para llevar a cabo la mejora genética de las especies de animales domésticos, el perro incluido, aunque su aplicación haya sido esporádica por las peculiaridades en las que esta especie se cría.
La aparente contradicción entre la ausencia de programas de selección basados en el conocimiento científico, y el aparente éxito en el logro de importantes modificaciones en la estructura morfológica o faneróptica en varias razas se explica por la elección de los caracteres que se han visto modificados, determinados por pocos genes con efecto grande sobre los mismos, lo que ha facilitado su selección y un progreso genético visible en pocas generaciones.
Tradicionalmente se ha utilizado en esta especie otra herramienta de mejora que combina la selección, como acabamos de comentar, basada en la elección de individuos provenientes de cruzamientos entre razas portadores de las características deseadas por el criador, con el apareamiento entre individuos estrechamente emparentados, con el objetivo de tratar de “fijar” en la descendencia las características seleccionadas en los parentales. Este asunto lo trataremos en el apartado de cruzamiento, consanguinidad o endogamia en esta especie.