Aparte, algunos creen que el perro de agua español es el más viejo de todos los perros de agua (la gente de Barbet puede discutir este punto), pero está en el grupo de pastoreo de AKC, no en el grupo deportivo. El Perro de Agua Español estuvo inicialmente en el Grupo Deportivo, pero después de una solicitud del Club del Perro de Agua Español de América, se trasladó al Grupo de Pastoreo en 2011. El razonamiento se puede encontrar en la fuente que indica que a partir de 1110 d.C., el SWD se utilizó en el sur de la Península Ibérica como perro de pastoreo para mover cabras, ovejas y otros animales, sus talentos como perro de agua no se utilizaron durante mucho tiempo.
Dicho esto, y a pesar del nombre de la raza, no se conocen con certeza sus orígenes exactos, ni faltan teorías.
Algunos postulan que los antepasados de la raza eran perros de agua con pelo de lana originarios del norte de África. Desde allí, los moros trajeron los perros a la Península Ibérica cuando la ocuparon por primera vez en el año 710 d.C. La raza podría tener raíces turcas, ya que en un momento se la conocía como Turco Andaluz o turco. Los perros pueden haber venido con comerciantes turcos o, quizás más probablemente, llegaron a Turquía con ovejas merinas de Hungría, que estaba ocupada por los turcos en ese momento. En 1989, Santiago Montesinos (uno de los fundadores del Kennel Club Español) citó la teoría de que los orígenes del Perro de Agua Español estaban en Turquía y Hungría, y notó la similitud del cordoncillo del pelo con el Puli húngaro. El año anterior, Flores también expresó su creencia de que el Perro de Agua Español era el mismo perro que el Perro Turco mencionado en el siglo X.
¡Pero espera hay mas! En 1993, De las Rosas postuló que la raza descendía de una raza asiática, o quizás descendiente directo del Canis familiars palustris del que derivan todos los perros de agua europeos. Otra teoría es que estos perros podrían haber llegado con diferentes tribus de bárbaros que invadieron Europa después de la caída del Imperio Romano.
Puede que nunca lo sepamos con certeza, pero no fue hasta 1975 que la raza emergió de la oscuridad por entusiastas ansiosos por establecerla como una raza nacional española. En 1985, apenas diez años después, el Perro de Agua Español fue reconocido por la Real Sociedad Central de Fomento de Razas Caninas en España. Se presentó al American Kennel Club como una raza rara en 2000 y se incluyó en el Servicio de acciones de la Fundación AKC en 2005. En 2008, la raza fue aceptada en el grupo de Miscelánea y luego pasó al grupo de pastoreo en 2015 donde permanece hasta hoy.